时值庚子年寒露，姑苏城外沧浪亭畔有故宅名"栖云居"。落魄书生陆砚秋继承祖产，于残垣中发现鎏金木匣，内藏半卷《玄灵谱》并斑驳铜铃。
戌时三刻，砚秋正就着烛火修补古籍。忽闻檐角铜铃自鸣，其声清越如昆山玉碎。推窗望去，但见：
"月隐重云后，庭前积水空明。一素衣女子执六角宫灯，纤足踏波而不濡，所过处芙蓉次第绽。蓦然回首，眸中似含千年雪。"
砚秋惊觉手中《玄灵谱》微微发烫，那女子已立于案前三尺。灯影摇曳间，可见其鬓边簪着半凋白梅，衣袂纹路竟是流动的《洛神赋》全文。
"公子修补残卷三百日，可曾悟得以血饲墨，以魂入画的真意？"女子声如冰弦轻振，案上澄心堂纸无风自动，浮现朱砂批注："今夜子时，勿饮城南茶"。
城南永宁坊突发离奇命案，死者皆面含笑意，皮下肌理化作水墨丹青。砚秋追查至百年老店"漱月茶寮"，得遇盲眼琴师谢无涯。
谢无涯怀中古琴忽作裂帛之声，茶寮梁柱竟渗出靛蓝汁液。砚秋怀中铜铃剧震，见跑堂小二十指生出青苔，眼窝中探出萱草嫩芽。
"陆公子请看，"谢无涯指尖掠过琴弦，奏出《广陵散》杀伐之音，"这满堂茶客，哪个是真活人？"
砚秋以《玄灵谱》覆眼，再观之：
"东窗老翁原是根雕所化，腹中空腔塞满陈年茶渣；
西角美妇实为锦鲤托生，裙下隐现鳞光；
最骇人是那煮茶老妪，颅顶裂开七窍，每个孔洞皆探出婴儿手臂，正抓着人脑烹制雪乳龙井。"
忽闻二楼雅间传来轻笑，正是那夜的神秘女子。她倚栏斟茶，盏中沉浮的竟是半片翡翠蝴蝶翅："陆公子可愿赌一局？若破得此案，我便告知令尊下落。"
砚秋循线索至虎丘剑池，揭开谢无涯真实身份：原是南宋画魂师，因与荷花仙子相恋触犯天条。仙子元神被镇于吴王墓，其泪化作千年不腐的并蒂莲。
砚秋终悟《玄灵谱》